Il est difficile d'évaluer depuis quand la pratique des thérapies manuelles existe au Japon mais une vieille chanson japonaise raconte que le dieu Sukuna Hikona qui est considéré comme l'ancêtre des médecins japonais, guérissait les maladies avec ses mains dans les âges mythologiques : On retrouve dans le traité "Le Classique de la médecine interne de l'Empereur Jaune" le shiatsu appelé alors "Angyö"/"Do In" qui faisait partie intégrante de la médecine.
Il prit alors le nom "Anma" (littéralement : presser, frotter) Techniques manuelles pratiquées souvent par des moines et des aveugles. Le shiatsu, dont l'appellation apparue pour la première fois vers la fin de l'ère Taishô (1920), est une de ces méthodes réunissant le "Kampô (la médecine venant de Chine), le "Do in", "l'Anma" classique et s'inspirant de certaines techniques occidentales.
En 1955, le mot "shiatsu" fut officiellement introduit dans les textes. Au Japon, La formation de base est de deux ans dans une école agréée par le ministère de la Santé Publique.
